Der Emsfonds der Niedersächsischen Umweltstiftung ist ein von der Stiftung verwaltetes Sondervermögen aus Mitteln des Landes Niedersachsen, das zweckgebunden zur Verbesserung der ökologischen Gesamtsituation in der Ems-Dollart Region eingesetzt wird.
Entsprechend der Emsvereinbarung zwischen dem Land Niedersachsen und den Umweltverbänden NABU, BUND und WWF vom 04. Juli 1994 und dem Vergleich zwischen dem Land Niedersachsen und den Umweltverbänden BUND und WWF vom 05. Dezember 2006 beträgt die Zustiftung aus der Emsvereinbarung fünf Millionen € und wird beginnend ab dem Jahr 2007 in jährlichen Raten von 500.000 € vom Land Niedersachsen in die Stiftung eingebracht. Nur die Erträge der Zustiftung dürfen zweckgebunden zur Verbesserung der ökologischen Gesamtsituation in der Ems-Dollart Region verwendet werden.
Darüber hinaus werden vier Millionen € aus dem Vergleich vom 05. Dezember 2006 in Jahresraten von jeweils 400.000 € beginnend mit dem Jahr 2008 für die Dauer von zehn aufeinander folgende Jahre, für Maßnahmen zur Verbesserung der ökologischen Gesamtsituation in der Ems-Dollart Region vom Land Niedersachsen in den Emsfonds eingezahlt. Diese Mittel können direkt für Projekte verwendet werden oder aber auch der Kapitalbildung dienen.